Bachs Interesse bei der Amtsnachfolge an der Neukirche war offensichtlich: Ohne qualifizierte Musiker waren seine Projekte nicht zu realisieren. Daher wollte er unbedingt das Collegium Musicum an St. Thomas binden, zumal damit auch Nutzungsrechte an den Instrumenten des Cafétiers Zimmermann verbunden waren. Schotts Nachfolger Carl Gotthelf Gerlach, dem normalerweise die Leitung zugestanden hätte, wurde von Bach wohl erst für die Stelle empfohlen, nachdem er auf das Collegium Musicum verzichtet hatte. Dem Thomaskantor eröffne-ten sich nun neue Perspektiven: Er konnte seine großen geistlichen Werke (wie etwa die Matthäuspassion) in den Hauptkirchen realisieren, und er konzertierte zur Winterzeit im Zimmermannischen Kaffeehause, sommers im Garten „vor dem Grimmaischen Thore“. Das Bachische Collegium trat häufig auch bei „extraordinairen“ Veran-staltungen in Erscheinung wie etwa den Ratswechselfeiern.

Bis zum Tod des Cafétiers Zimmermann 1741 hat Bach das Collegium Musicum geleitet, danach ging seine Direktion pikanterweise wieder an Gerlach zurück, dem Mann, der es ursprünglich hatte abtreten müssen. Wahr-scheinlich aber konnte Bach (schaut man beispielsweise auf die Kompositionen nach 1741) weiterhin bei großen Figuralmusiken mit der Unterstützung des Collegiums rechnen.

Die große Zeit der Leipziger Collegia war zu diesem Zeitpunkt ohnehin vorbei. 1743 wurde von Leipziger Kauf-leuten das Konkurrenzunternehmen „Großes Concert“ gegründet, welches zum unmittelbaren Vorläufer der heutigen Gewandhauskonzerte wurde.

Der Neukirchenmusikdirektor ist 1751 letztmalig als Leiter des Collegium Musicum nachweisbar.